Ниндзя уровня S намного сильнее обыкновенного Дзёнин. S-уровень не относится к обычным званиям, официально таких ниндзя называют дзёнинами, они могут относиться даже к ещё более низким званиям или же вообще не иметь никакого. Преданность синоби этого ранга заключается в том, чтобы быть частью собственного селения и проявлять к нему лояльность, даже не живя в нём. Часто ниндзя этого уровня решают покинуть своё селение, пускаясь на поиск своих амбиций, и становятся ниндзя-предателями. Также ниндзя этого класса часто фигурируют в книге «Бинго», списке врагов для убийства, который имеет каждая деревня для использования дзёнинами и членами команды АНБУ. Большинство синоби, даже высшего уровня, избегают прямого столкновения с ниндзя уровня S. Ниндзя этого уровня значительно выделяются среди других и часто имеют прозвища, которые им дали их друзья или враги.